Sistemato all'interno  dell'ex complesso monastico, che conserva il caratteristico chiostro triangolare dei sec XIV-XV ; l'altro, a pianta rettangolare, è stato completamente ristrutturato durante l'allestimento dell'esposizione. Tra i pezzi in mostra spiccano il sigillo tombale di Simonetta e Percivale Lercari, già nel cimitero di S. Giovanni Prè, e i resti del monumento funerario di Margherita di Brabare, moglie dell'imperatore Arrigo VII, eseguito nel 1313-1314 da Giovanni Pisano: il sepolcro era conservato nella coeva chiesa di S. Pietro  di Castelletto. Degni di nota anche un affresco duecentesco a firma di Manfredino da Pistoia e, nella sezione settecentesca, la Maddalena penitente di Antonio Canova